交通労連は様々な活動や方針を民主的に決定するため、「大会」「中央委員会」「中央執行委員会」の3つの決議機関を設けています。
また、中央闘争委員会や各種専門委員会等、必要に応じて委員会や会議を設け、多くの加盟組合の意見を聞きながら、活動内容を決定しています。
大会は、交通労連の方針を決定する最高の権限を持った機関であり、大会運営は、加盟組合から選出される代議員と本部の役員が出席して行われます。
大会は毎年1回、9月、中央執行委員長が招集して開かれ、交通労連に加盟する組合が、ともに統一的に活動する方針を審議・決定します。
主な付議事項は、事業報告、会計報告、歳入歳出予算、運動方針、役員選挙、同盟罷業に関する事項、上部団体への加盟または脱退、労連の合併または解散、規約の改廃、役員の弾効、統制違反の上訴審、その他重要な事項等になります。
中央委員会は、大会に次ぐ権限を持ち、大会で決議された事項をさらに具体的な活動として展開するために開かれ、1年に2回、原則として3ヵ月以上の間隔をもって開いています。
また、中央委員会は、加盟組合から選ばれた中央委員と本部役員で構成しています。
中央執行委員会では、大会や中央委員会で決められた事項について、より具体的に遂行していくための方針や内容を協議・決定しています。
構成メンバーは中央執行委員長、副中央執行委員長、書記長、会計、中央執行委員と監査委員(1名が出席)、本部役員となり、年間で8回開催しています。